Велізарная армія Ниндроидов паўстала і пачала захоп планету. Адважныя героі гульні "Ніндзя Го: Паўстанне Ниндроидов" спрабуюць спыніць паўстанне, а для гэтага ім трэба дабрацца да базы ворага і знішчыць верхавода. Наперадзе доўгі шлях вы зможаце згуляць за кожнага ніндзя, які ёсць у гульні. У розных сітуацыях неабходныя розныя персанажы. Змена герояў адбываецца прама ў гульні ў спецыяльным партале. Калі трэба разбіць перашкоду, выклікайце магутнага ніндзя з сякерай, ён пасекчы на кавалачкі ўсіх. Зьбірайце па шляху аптэчкі, а лепш старайцеся не трапляцца ворагам.