Дзеянне гульні Alien Quarantine адбываецца на тэрыторыі сакрэтнай лабараторыі, дзе праводзяцца эксперыменты над узятымі ў палон іншапланетнымі істотамі. Аднаму з прышэльцаў удалося вырвацца на волю, ён вызваліў астатніх і ў лабараторыі пачаўся сапраўдны хаос. Герой гульні Alien Quarantine накіраваны на разведку, але сутыкнуўся з небяспечным супернікам. Яму трэба аднавіць сістэму бяспекі, каб монстры не прарваліся ў іншыя сектары. Для гэтага неабходна актываваць некалькі прылад, рухаючыся і адстрэльваючыся, ухіляючыся ад нападаў прышэльцаў.
