Ніндзя з'явіліся з сярэднявечнай Японіі і выконвалі ролю шпіёнаў, шныпароў, разведчыкаў-дыверсантаў. Яны насілі цёмную вопратку, закрывалі твар і ў асноўным дзейнічалі ноччу, бясшумна перасоўваючыся і выконваючы пастаўленыя задачы. Усе ніндзя валодалі мастацтвам ніндзя. Па сутнасці ніндзя - гэта разнавіднасці воінаў, якім займаліся спецыяльнымі аперацыямі, накшталт японскага спецназа. Герою гульні Ninja Speed Runner таксама даручана сакрэтная місія, таму ён хутка перасоўваецца. Насустрач яму ляцяць сюрыкены, ад якіх ён павінен адхінацца і вы яму ў гэтым дапаможаце, прымушаючы героя скакаць ці прыгінацца ў Ninja Speed Runner.
