Ніндзя толькі што вярнуўся з паходу і вырашыў наведаць родны манастыр, дзе праходзіў навучанне і свайго любімага настаўніка, які даў яму вялізны аб'ём ведаў і навучыў кіраваць сваім целам і духам. Ён застаў манахаў у засмучэнні і вялікім засмучэнні. Напярэдадні на манастыр напалі чырвоныя самураі і выкралі калекцыю старажытных камянёў з рунамі. Гэта свяшчэнныя камяні, якія стагоддзямі захоўваліся ў манастыры. Наш герой клятвенна абяцаў вярнуць усё скрадзенае і тут жа адправіўся ў шлях. Дапамажыце герою ў Ninja Run выканаць яго святую місію. Ніндзя будзеце бегчы, а вы дапаможаце яму своечасова скакаць ферэз перашкоды і праз ворагаў, збіраючы камяні.
