У Матрыцы было створана некалькі прататыпаў і адзін з іх пад нумарам 09435 аказаўся самым удалым. Гэта лічбавы хлопчык, які пачаў дзіўным чынам хутка развівацца і неўзабаве яму захацелася даследаваць навакольны свет. Ён знайшоў спосаб пакінуць матрыцу і адправіўся ў шлях у Prototype Guy. Стваральнікі вырашылі не замінаць хлопцу, яны просяць вас дапамагчы яму адаптавацца, пераадольваючы перашкоды. Неабходна пераскокваць праз вострыя шыпы і квадратных робатаў. Дарэчы, робатаў можна знішчыць, калі скокнуць непасрэдна на іх зверху. Калі перашкода не будзе пераадолена, герой пачне шлях спачатку ў Prototype Guy.
