Апакаліпсіс можа адбыцца ад розных прычын, у гульні Apocalypse Run вы будзеце дапамагаць герою, які апынуўся ў цэнтры апакаліпсісу, які з'явіўся ў выніку паўстання машын. Штучны інтэлект, з'яўленне якога так чакалі і так захапляліся яго хуткім развіццём, вырашыў, што людзі зараз яму не патрэбны. Мала таго, яны нават шкодныя, таму што ўсё робяць не так як трэба, паводзяць сябе часцяком ірацыянальна, знішчаюць навакольнае асяроддзе і забіваюць сабе падобных. У розуме машыны сфармавалася ўстойлівае перакананне, што чалавек - гэта галоўнае зло на планеце і яго трэба знішчыць. Так пачалося планамернае знішчэнне чалавецтва, а герой Apocalypse Run жадае гэтага пазбегнуць і вы дапаможаце яму дужацца з робатамі.
