Да гэтага часу Марыё даводзілася мець справу толькі са злымі грыбочкі, слімакамі і іншымі паслугачамі яго вечнага ворага Боузер. Але гэта толькі кветачкі, у параўнанні з тым, што чакае яго ў Super Mario Commander. На Свет Марыё нечакана было здзейснена падступнае напад з космасу. Страшныя і зласлівыя істоты, узброеныя да зубоў зладзілі хаос у некалі мірным каралеўстве. Прыйдзецца Марыё ўзяць у рукі сур'ёзнае зброю і выступіць у ролі супер героя. А каб у яго ўсё атрымалася, дапамажыце вадаправодчык асвоіць новую для сябе ролю. Неабходна ачысціць платформы ад касмічных піратаў і зноў вярнуць свет на зямлі ў Super Mario Commander.
