Нездарма наш ніндзя доўгія гады мардаваў сябе трэніроўкамі ў высакагорным манастыры. Дзякуючы ім ён стаў лепшым нд сваёй справе, супер хуткім і супер спрытным. І зараз ад яго уменняў і здольнасцяў залежыць лёс свету, у якім ён хоча жыць. З'явілася пагроза выбуху атамнай электрастанцыяй. Яна размешчана удалечыні ад населеных раёнаў, але калі здарыцца выбух, ён будзе такой магутнасці, што мала нікому не падасца. А ад роднай вёскі героя не застаецца і жменькі попелу. Трэба за лічаныя хвіліны дабрацца да станцыі і адключыць рэактар. Гэта яшчэ можна зрабіць, але акрамя ніндзя ніхто не валодае такой хуткасцю. Але бегчы яму прыйдзецца, абыходзячы мноства перашкод і тут без вам не абысціся дапамагайце яму праходзіць ўзроўні да таго, як час скончыцца ў гульні Nuclear Ninja.
