З манастыра, дзе жыў і навучаўся наш героя ніндзя, былі выкрадзены каштоўныя скруткі. На тонкай рысавай паперы нанесеныя магічныя знакі. Той, хто прачытае іх, зможа стаць уладаром Паднябеснай. Каштоўныя артэфакты стагоддзямі захоўваліся ў тайніку, але хто-то здолеў іх выкрасці і панесці. Сэнс адправіў свайго лепшага вучня на пошукі, але без вас яму не справіцца ў Ninja Run. Хлопцу процістаяць не проста дрэнныя людзі, а сапраўдныя зласлівыя дэманы самураі з апраметнай. Пры жыцці яны былі ўмелымі ваярамі, а пасля смерці сталі служыць д'яблу і да іх здольнасцях дадаліся магічныя навыкі. Ніндзя павінен бегчы, скакаць і кідаць сталёвыя зоркі, каб справіцца з ворагамі.
