Старажытнай Японіі існавалі адмысловыя храмы у якіх рыхтавалі такіх вайне як ніндзя. Вы ў гульні Ninja Runs 3d адправіцеся ў адзін з іх і дапаможаце аднаму ніндзя прайсці рознага роду трэніроўкі. Сёння ваш герой павінен будзе прабегчы па адмыслова пабудаванай паласе перашкод разам з іншымі ніндзя і прыйсці да фінішнай рысы першым. Вы будзеце кіраваць яго дзеяннямі. Вам трэба будзе пераскочыць праз мноства перашкод, ўзлезці на рознага роду перашкоды і здзейсніць яшчэ мноства дзеянняў, якія дапамогуць вашаму ніндзя перамагчы ў спаборніцтве.
