Мядзведзь Банджа разам са сваёй сястрой жыве ў глыбіні лесу. Як то аднойчы наш персанаж прачнуўшыся выявіў што яго малодшая сястра знікла. Цяпер у гульні Banjo-Kazooie мы з вамі будзем дапамагаць яму адшукаць яе. Па дапамогу наш персанаж звярнуўся да чароўнай птушцы Казуо. Правёўшы магічны рытуал яна ўлавіла след і паляцела ўздоўж яго. Цяпер вы кіруючы героем павінны будзеце бегчы за ёй не адстаючы. Будзьце ўважлівыя на шляху ў вас будуць узнікаць пасткі і вы кіруючы героем павінны будзеце прымушаць пераскокваць іх. Часам вам могуць трапляцца розныя агрэсіўныя монстры і вы павінны будзеце знішчаць іх.
