У старажытнай Японіі ўвесь час ішла вайна паміж двума кастамі воінаў - самураямі і ніндзя. Вы ў гульні Ninja Runner будзеце змагацца на баку ордэна ніндзя. Ваш персанаж атрымаў заданне ад кіраўніка ордэна загад ажыццявіць выведку ў адно лесе, дзе могуць хавацца атрады самураяў. Ваш герой адважна паглыбіўся ў лес і пабег па сцежцы. На шляху яго будуць чакаць мноства небяспек і пастак. Вы кіруючы вашым персанажам павінны будзеце прымушаць яго скакаць і не трапляць у гэтыя пасткі. Калі вам трапяцца салдаты суперніка вы з дапамогай меча павінны будзеце ўсіх іх знішчыць. Гэтак жа зьбірайце розныя прадметы, якія трапяцца яму на яго шляху.
